První etapa archeologického výzkumu (realizovaná v průběhu roku 2001) odkryla celkem 72 hrobů, které pocházely vesměs z 15. - 18. století, některé byly porušeny přestavbou kostela z roku 1535. Nejvýraznější koncentrace pohřbů byla na jižní straně kostela. Nalezení zemřelí byly pohřbíváni v dřevěných rakvích, položeni byly na zádech, orientace pohřbů byla hlavou k západu. Ruce měly složené na hrudi nebo břiše, často omotané růženci ze dřeva, kovu nebo skla. Nalezeny byly i součásti pohřebních oděvů jako byl pohřební čepec s kovovými ozdobami, knoflíky, zápony, kovové nášivky na oděv, přezky. Zajímavé byly i nálezy drobných osobních předmětů, které patřily zemřelým - křížky, medailonky, prsteny, mince. Předměty byly restaurovány a výsledkem je unikátní nálezově uzavřený celek získaný archeologickým výzkumem, který souvisí s lokálními církevními dějinami a společenskými událostmi, a má vypovídací hodnotu nadregionálního významu vzhledem k provenienci některých předmětů.
Archeologický výzkum přinesl i některé nové poznatky související s architektonickým vývojem samotného kostela sv. Mikuláše. Podél jižní boční zdi lodi kostela byly v sondách zachyceny kaple, vedlejší oltáře, přisazené k boční lodi. Vedle toho byly odkryty základy pro opěrné pilíře jižní boční lodi a objeveno bylo i gotické nároží jižní boční lodi, a to na jihovýchodní straně kostela. V Kanovnické ulici pak stavba odkryla ohradní hřbitovní zeď, procházející průběžně středem dnešní ulice.